Link vive en una isla en las nubes conocida como Neburia. Él es amigo de la infancia de Zelda (hija de Gaépora, el director) y asiste a la Academia de Caballeros, donde a menudo es molestado por Byllan.

PineappleLink participa y vence en el torneo organizado cada año por la academia. Tras una ceremonia de victoria, Link y Zelda se van a pasear por los cielos montados en sus Neburis, cuando de repente un tornado tira a Zelda y su a Neburi debajo de las nubes, hacia las Tierras Inferiores. Link, al siguiente día, planea embarcarse en una búsqueda para encontrar a Zelda, pero esa noche, una figura misteriosa azul aparece en sus sueños. Cuando Link despierta, se encuentra con esta figura de pie delante de él. Link decide seguir a esta figura, la cuál le conduce hasta la Efigie de la Diosa, donde se abre la puerta de una cámara secreta. Aquí, se encuentra con la Espada Divina, y la figura extraña resulta ser Fay, el espíritu de la espada. Con la espada, Link consigue abrir un camino a través de la barrera de nubes, y Link comienza su búsqueda de Zelda en las Tierras Inferiores.
Durante esta búsqueda se enfrenta varias veces con Grahim, señor de los demonios que habitan en la superficie. Grahim trata de encontrar a Zelda, ya que la necesita para llevar acabo sus malvados planes. Link se entera de que Zelda viaja por las Tierras Inferiores para purificar su espíritu, y es protegida por Impa. Link consigue encontrar a Zelda e Impa en el Templo de Lanayru, pero su reunión es interrumpida cuando Grahim aparece. Mientras que Grahim se enfrenta a Impa, Zelda le da a Link la Lira de la Diosa, antes de que Impa y ella escapen a través del Portal del Tiempo. Impa destruye el portal para evitar a Grahim. Una anciana en la Tierra del Presidio, informa a Link que existe otro Portal del Tiempo. Para activarlo, Link debe convertir la Espada Divina en la Espada Maestra, a través de las tres Llamas Sagradas.
Después de pasar las tres pruebas de la diosa, ganando el las Reliquias Espirituales, y transformar la Espada Divina en la Espada Maestra, Link activa el portal y se reúne con Zelda. Ella da su bendición a la Espada Maestra y acto seguido explica a Link que él es el héroe elegido por la diosa, antes de decirle que ella es la reencarnación mortal de la Diosa Hylia. Zelda debe permanecer en un sueño profundo para mantener encarcelado a El Durmiente dentro de su sello. A continuación, informa a Link de que tiene que encontrar y usar la Trifuerza para destruir a El Durmiente, antes de que rompa el sello. Link busca a Narisha, quién le dirá que tendrá que buscar a tres dragones de cada región para que canten estrofas del Cantar del Héroe.
Link regresa a Neburia y después de superar un último juicio del espíritu, logra encontrar el lugar donde se esconde la Trifuerza. Al obtenerla, utiliza su poder para desear la erradicación de El Durmiente. A pesar de ello, Zelda es secuestrada por Grahim al despertar y la lleva al pasado a través del Portal del Tiempo, donde El Durmiente está todavía sellado. Grahim realiza un ritual para liberar a El Durmiente, Link realiza una aparición y vence a Grahim. El Durmiente logra liberarse del sello y gracias al ritual logra absorber el alma de Zelda para volver a su forma original, El Heraldo de la Muerte, y convierte a Grahim en la Espada Maestra Oscura. Link se enfrenta a El Heraldo de la Muerte y tras una dura batalla Link sale vencedor, la Espada Maestra absorbe los restos del Heraldo, no sin que antes el Heraldo dejara una maldición sobre Link y Zelda, la cuál dice que cada descendiente suyo siempre tendrá un enemigo.
Más tarde, Link deja la Espada Maestra en el pedestal, en el Templo del Presidio, despidiéndose para siempre de su compañera Fay. Link, Zelda y Malton regresan a su propio tiempo, Zelda menciona a Link que ella quiere seguir viviendo en las Tierras inferiores y velar por la Trifuerza. Ella le pregunta qué piensa hacer a partir de ahora, y la sonrisa de Link a ella, implica que elige quedarse con Zelda en las Tierras inferiores, que pasado un tiempo, pasaría a llamarse Hyrule.